Chrome拡張で、chrome.windows.createを使用した際にpopupにしてもpanelにしても変化がなかったのですが、どこかのアップデートでpanelはアプリケーションウィンドウと同じ扱いになるように変更がかかったようなので修正しました。嘘です。もともとパネル機能というのがchromeに存在していたのですが、デフォルトで有効になっていないだけでした。chrome://flagsからパネル機能を有効にできます。CanaryとDevではデフォルトでパネル機能が有効なので、自分が64bit版Chromeをインストールしたタイミングでパネルが有効になったんですね。（恥ずかしながらトレンドで初めて64bit版Chromeがリリースされているのを知った勢です。）
Right-Click to calendarを実装した時は、panelとpopupの違いがわからないまま「ドキュメントでpanelになるとか書いてたからこっちのほうが高機能なんだろう」と思って使ってました。へへ…。
実際使ってみるとパネルのほうが断然使いやすいので（ウィンドウの⇣に引っ込められる等）有効にしてみてください。デフォルトでパネル機能が有効になったら、拡張のオプションページでpopupかpanelか選べるようにしておきます。v3.4.1で選択できるようにしました。あとhtmlの文法盛大に間違ってるとこがあって泡を吐きながら直しました。
Chromeアプリ内で使用できない or 動作が異なる命令等は下記のサイトを参照してください。
Disabled Web Features – Google Chrome
panel上のウィンドウ内でalertは使えないので自分で実装する必要があります。Right-Click to calendarでは下記プラグインを利用しました。設置方法も直感的でわかりやすいし重宝しそうです。
SweetAlert